האיכות הייחודית של בירקנשטוק נובעת לא רק מחומרים שנבחרו בקפידה אלא גם משיטת בנייה קפדנית ומדעית. תהליך הייצור שלו משלב עקרונות ארגונומיים עם עבודת יד קפדנית. באמצעות ערימה מסודרת ועיבוד מדויק של מספר שכבות, גוף הנעל מספק תמיכה יציבה ונוחות מתמשכת תוך התאמה לכף הרגל. שיטת בנייה זו ביססה את בירקנשטוק כאמת מידה בתחום ההנעלה הפונקציונלית.
הליבה טמונה בבניית המיטה. מצע הרגליים של בירקנשטוק מורכב משלוש שכבות עיקריות המורכבות ברצף: השכבה התחתונה היא שעם טבעי, שמקורו בקליפת עץ אלון השעם, שנמעך ונלחץ ליצירת מטריצת תמיכה עם חלת דבש-כמו נקבוביות המסתגלות ללחץ ההליכה; השכבה האמצעית חדורת לטקס טבעי, המשמשת כתווך ריפוד אלסטי הפועל בשילוב עם הפקק כדי לספוג את הפגיעה ולפזר באופן שווה את העומס על כף הרגל; השכבות העליונות והתחתונות מכוסות בשכבות סיבי יוטה. רשת סיבים צמחיים טבעיים זו לא רק נועלת את המיקומים היחסיים של הפקק והלטקס, ומונעת תזוזה מבנית במהלך שימוש-לטווח ארוך, אלא גם מספקת למצע הרגלים קשיחות ויכולת נשימה מתאימה. השכבה החיצונית מכוסה בזמש או עור אמיתי, ויוצרת ממשק- ידידותי לעור שבא במגע ישיר עם כף הרגל, המציע יכולת נשימה, מנדף לחות ותחושה גמישה.
לאחר יצירת המצע, הוא נקשר במדויק לחלק העליון. החומר העליון משתנה בהתאם לסדרה, בדרך כלל משתמשים בעור פרה, זמש או בד עמיד למים. הוא עובר חיתוך, תפירה וגימור קצוות כדי להבטיח התאמה הדוקה ועמידות. ההדבקה של המיטה העליונה והרגל מתבצעת לרוב באופן ידני או חצי-אוטומטית, תוך הפעלת לחץ ודבק אחידים בתנאי טמפרטורה ולחות קבועים כדי ליצור חיבור חלק ולמנוע קילוף או עיוות עקב משיכה במהלך ההליכה. תהליך זה דורש שליטה מדויקת ביותר של טמפרטורה, לחץ ותזמון, דבר חיוני להבטחת היציבות הכוללת.
מכלול הסוליה החיצונית משתמש בחומרים ותהליכים שונים בהתאם לדרישות הפונקציונליות. סוליות EVA ידועות בקלות המשקל והריפוד שלהן, והן מעוצבות- בהזרקה כדי להתאים לחריצים בתחתית מצע הרגל, ויוצרות חיבור גמיש. סוליות גומי מעוצבות ומודבקות למצע הרגל, משפרות את עמידות הבלאי וההתנגדות להחלקה, מה שהופך אותן למתאימות לשטחים מגוונים או לסביבות רטובות. דגמים מסוימים משלבים טקסטורות נגד החלקה- או מודולים בולמי זעזועים- בין המדרס לסוליה החיצונית כדי לשפר עוד יותר את בטיחות ההליכה ונוחות ההליכה.
כל תהליך הייצור מדגיש מעברים חלקים ובדיקות קפדניות. לכל שלב יש נקודות בקרת איכות, מהאחידות של חלקיקי הפקק והיציבות של קצף לטקס ועד למתח של התפרים העליונים-כולם חייבים לעמוד בסטנדרטים שנקבעו. גישה שכבתית ותומכת הדדית זו מאפשרת ל-Birkenstocks לשמור על יכולת הנשימה של חומרים טבעיים תוך השגת רמה גבוהה של אחדות בין מכניקה מבנית וחווית לבישה, ומספקת למשתמשים בסיס הליכה יציב ונוח.
